Hola a todos, este cuatrimestre cursé Bioinformática y, valga mi suerte, el final justo en esta cursada dejó de ser una simple firma.
Ayer por primera vez nos tocó rendirlo.
Nos presentamos tres valientes y arriesgados soldados.
El profesor nos había dicho en la cursada que no iba a ser exigente, que iba a ser oral, pero cuando apenas llegó y se acomodó, enunció la tan indeseada frase "saquen una hoja". WHATTTTTTTTTT ????????

UTNIANOS me ha ayudado mucho en otros finales, y viendo que éramos tan poquitos, y que fue el primer final, y que fue escrito, me siento en la obligación de contarles más o menos cómo fue para que los próximos vayan un poco más orientados y no se sorprendan como me pasó a mí.

Antes de empezar nos hizo elegir tres números del 1 a 20 a cada uno, después repartió 20 preguntas y nos pidió que cada uno resuelva los tres puntos según los números que habíamos elegido previamente.

Yendo al grano, les paso algunas preguntas teóricas que me acuerdo, no son textuales:
- Describir el dogma central de la biología y los tres principales elementos o moléculas o algo así. Graficar.
- Tres preguntas acerca de principales diferencias entre células Eucariotas y Procariotas, o hablar sólo de Eucariotas o de Procariotas.
- Tres o Cuatro preguntas acerca de comparaciones entre método BLAST y Needleman Wusch. Cuál es más rápido de los dos o en qué casos usaría uno u otro y ese tipo de preguntas.
- Describir Alineamiento múltiple y sus ventajas.
- Una pregunta de homología.
- Mencionar los dos portales que contienen las más grandes bases de datos y herramientas relacionadas con bioinformática.

Los puntos prácticos eran más o menos 5 o 6, todos relacionados con alineamientos de secuencias.

Eran todos de este tipo (los valores son a modo de ejemplo, no es el ejercicio tal cual):
- Dada estas secuencias: ACGTABVADDCT y ACT--BVAD-CT
- Y dada estas características: GAP: -8 | MATCH: +1 | MISMATCH: -2 | EXTENSIÓN: -1
- Indicar cuál es el puntaje final del alineamiento.

Había un ejercicio práctico diferente, que tenía también dos secuencias para alinear de dato, también te decía el costo de GAP y de EXTENSIÓN pero en lugar de darte los MATCH y MISMATCH te daban una matriz de sustitución y tenías que buscar ahí los elementos de la diagonal para saber cuánto sumar en caso de encontrar coincidencias.

Por suerte el profesor fue muy flexible con los ejercicios, finalmente me puso un 5. Creo que los otros chicos se sacaron más nota, habían venido a todas las clases sobre todo a esas de alineamiento de secuencias que yo había faltado.

Mis sensaciones después de ver los videos y leer tranquilo las presentaciones, es que finalmente me pareció interesante tener una idea de lo que es este mundo de la Bioinformática. Ojalá algún día así tan fácil como hoy te hacen una placa nos puedan hacer un análisis genético y prevenir algunas enfermedades.

Espero que el aporte, aunque impreciso, les sirva a los que vienen.
EXITOS.

Gracias crack te pasaste, mucho huevo! Te acordas que numeros de preguntas elegiste? Quiero presentarme la proxima fecha y por ahi tengo la suerte que toma en el mismo orden

Elegí 3, 12 y 20.

El punto 3 era el de alineamiento, justo era el que tenía la tabla de sustitución, yo no tenía ni la menor idea de como hacerlo porque había faltado, según el profesor era el más fácil de los prácticos. Un poco me ayudó, otro poco de intuición y terminó saliendo.

El 12 era una pregunta sobre alineamiento múltiple que ni idea, la cambié por el 17 que hablaba sobre el Dogma Central de la Bioinformática (con permiso del profesor), supongo que me costó un par de puntos eso jaja También me hizo hacer una pregunta adicional por cambiar. Elegí una de las que estaban entre la 16 y la 19 que se referían a células Eucariotas y Procariotas.

La 20 era la de los dos portales, creo que la respuesta es NCBI y EBI.

Salutes

Estimados, quién dicta la materia?

Está buena la cursada? en qué consiste? tp? parcial?

mil gracias

Off-topic:

La dicta Patricio Yankilevich. La cursada en contenidos esta buena, pero a mi gusto mal dada. No se entiende mucho, al profe a mi parecer le faltan horas de vuelo, da cosas medios por sabidas que no lo son. Sin parciales y un tp donde se aprenden a usar las herramientas que usa un bioinformatico. Ahora que tiene final, 0 recomendable

Hola, IsaacNewton
Como estas?

Revisa aca:
http://www.utnianos.com.ar/foro/tema-qui...-electivas
http://www.utnianos.com.ar/foro/tema-bio...iva-de-5to

Saludos!

leonel podrás pasar los videos y las presentaciones que usaste para preparar el final?

(17-07-2016 22:20)sebbab escribió:  leonel podrás pasar los videos y las presentaciones que usaste para preparar el final?

Hola, te paso una charla TED que hizo el profesor en UTN:
https://www.youtube.com/watch?v=8-jXsOJf5Vs

Este es un recurso con las clases compartido por el mismo profesor:
https://drive.google.com/folderview?id=0...sp=sharing


Saludos

Algún resumen para dar el Final?

O ejercicios de Ejemplo de Alineamiento?

Gracias!

Vamos completando el set de preguntas (esta es la tercer hoja):

11) Tiene dos proteínas con baja similitud aunque homólogas. Ustes conoce sus secuencias. También conoce las secuencias del ADN original. ¿Por qué puede esperar una mejor alineación utilizando las secuencias de proteínas que de ADN?
12) En alineamientos de proteínas, no sólo nos limitamos a mirar los match/mismatch. Nos fijamos en las similitudes entre aminoácidos. ¿Cómo están representadas?
13) Nombre distintas matrices de sustitución.
14) Quiero hacer un alineamiento múltiple de N secuencias. ¿Cuántos alineamientos de a pares voy a tener que calcular?
15) En un alineamiento múltiple, quiero construir un "árbol de guía". ¿Qué es lo que determina el orden en que uso a los nodos entre sí?
16) ¿Cómo se calcula el puntaje de un alineamiento múltiple?
17) ¿Cuáles son las tres macromoléculas del dogma central de la biología? Dibuje el dogma central.
18) Nombre algunas diferencias entre células eucariotas y procariotas.
19) Describa como están estructurados los genes en organismos eucariotas.
20) Nombre los dos portales más importantes para trabajar con bases de datos y herramientas bioinformáticas.

esta materia de que especialidad es?

(13-12-2016 14:29)hsinso0n escribió:  esta materia de que especialidad es?

Si mirás arriba ->

UTNianos / Carreras de Grado / Sistemas / [APORTE] BIOINFORMATICA - Primer Final (Julio 2016)

En tu Seguidor de Carrera también te aparece como electiva de 5to

Hola Chicos Como andan?

Quería preguntarles si cuentan con ejercicios prácticos de alineamiento, para contar con uno o dos ejercicios de referencia.
Entiendo que un ejercicio de estos suele tomar en el final.

O si tienen un documento donde aprender estos ejercicios, también me serviria.

De antemano gracias!,

Saludos,

Buenas! Alguno tiene todas las preguntas que pueden tomar en el final de bioinformatica??
Lo quiero dar ahora y no quiero fumarme todas las ppts
Muchas gracias!!!

(22-05-2017 12:42)paulita escribió:  Buenas! Alguno tiene todas las preguntas que pueden tomar en el final de bioinformatica??
Lo quiero dar ahora y no quiero fumarme todas las ppts
Muchas gracias!!!

Me sumo al pedido. Me habían dicho que estaban dando vueltas las 20 preguntas, pero no las encuentro.