Lo mejor que podés hacer es contactarte directo con la facultad que te van a decir mejor, sobretodo por el tiempo que se toman.
Y sí, te pueden reconocer lo que hagas en el segundo cuatrimestre.
Yo hice cambio de universidad y carrera, y me pasó algo similar: tenía que cursar un análisis más en mi facultad de origen para que me reconocieran análisis matemático 1 y 2 de la UTN. Habían pasado 3 años desde mi última cursada de matemáticas
Estaba casi a mitad de año cuando decidí cambiarme, así que pedí en la facu de origen mi analítico parcial, los programas de las materias que tenía en ese analítico, y los hice legalizar ahí. Me anoté en mi facu de origen a cursar esa materia el segundo cuatrimestre.
Mientras tanto fui a la UTN y presenté todos esos papeles, si mal no recuerdo era octubre, la inscripción por equivalencias se maneja algo distinto que la normal, al menos en mi regional podés llevar esos papeles en cualquier momento del año.
Para diciembre me aprobaron el ingreso en la UTN, tuve que hacer el curso de orientación que en Avellaneda es de una semana. Todavía estaba cursando en la otra..
Aprobé en febrero. Pedí de vuelta analítico parcial y los programas de las materias que restaban. Esta legalización tardó muy poquito porque eran dos materias, esa y la que había hecho el primer cuatri que no había entrado en el primer trámite.
Llevé esas materias a la UTN y las adjunté al trámite anterior. Ya tenía algunas materias aprobadas como equivalentes, así que en marzo arranqué en la UTN con materias que no eran comunes a la otra facultad y me hicieron excepción de correlativas por las que no habían evaluado todavía y para cursar las integradoras de primer y segundo año simultáneamente.
Mi trámite de equivalencias terminó en junio. No tuve que hacer análisis 2 de nuevo (la sufrí mucho), esa y fisica 2 eran las que más miedo me daba que no me tomen, y una la presenté mucho más tarde