quiero saber cual de estas dos formas es la correcta para resolver el ejercicio:

1. calculo los potenciales Va= $$K(\frac{Q1}{0.04} - \frac{Q2}{0.02}) =-900V$$

Vb=0

W=Q3 . (Vab) = 1nC.(-900v)= -90x10^-6J

2.calculo el potencial de q3 = K.q3/0.03 y lo multiplico por Q3 de nuevo ya que W=Q.V

La primera es correcta. Al menos el planteo, no me acuerdo los fórmulas.

La idea es que q1 establece un campo eléctrico radial, de ahí sacás la ddp debida a q1 entre los puntos que te piden. Repetís lo mismo para q2. Sumás ambos potenciales y te da la ddp total con esa configuración entre esos dos puntos. Después, como pusiste, el trabajo para llevar una carga cualquiera (q3) de un punto al otro es la ddp por la carga en cuestión (q3).

Ojo con los signos. Si el potencial entre A y B (Vab) es positivo, entonces el punto A tiene un mayor potencial que el B. El campo apunta de A hacia B.